Institut Ilmu Kesehatan Bhakti Wiyata menyimpan sejarah yang panjang dalam perjalanan pendidikan tinggi di Indonesia. Berdirinya IIK Bhakta merupakan hasil peleburan (merger) dari semua akademi yang berasa di Yayasan Bhakti Wiyata pada waktu itu. Pada saat berdiri di tahun 2005 terdiri dari 4 fakultas dengan 15 Prodi. Sampai dengan tahun 2020 telah berkembang menjadi 4 fakultas dengan 22 Prodi. Bila diperinci, sejarah IIK Bhakta dapat dijabarkan seperti berikut:
Logo awal IIK Bhakti Wiyata berbentuk seperti toga, di dalam toga tersebut bertuliskan IIK+ dengan perpaduan warna merah dan putih.
Transformasi logo diatas tidak banyak perubahan dari sebelumnya, hanya dipertegas adalam penulisan Bhakti Wiyata saja dan ada penambahan makna dibalik logo tersebut, yaitu Budaya PLUS yang diusung oleh Rektor IIK Bhakta, Bapak Prof. Dr. apt. Muhamad Zainuddin (Prima dalam pelayanan, Luhur dalam berbudi pekerti, Unggul dalam berkarya, dan Sejahtera dalam berkehidupan bersama).
Ada penyingkatan khusus untuk Bhakti Wiyata, yakni "Bhakta". Lambang toga pun juga sudah berganti menjadi bulat. Tulisan Bhakti Wiyata sengaja dijabarkan agar tidak tertukar dengan brand lain. Meskipun banyak nama yang memakai nama Institut Ilmu Kesehatan, IIK Bhakti Wiyata tetap menjadi Institut kesehatan pertama di Indonesia yang diakui oleh Museum Rekor Indonesia (MURI).